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1887年聖公會把教育服務拓展至九龍，創辦「土瓜灣聖公會學校」於紅磡浙江街，略具雛型，後遷江西街，漸見規模。此即本校聖公會聖提摩太小學之前身，也是九龍區的第一所聖公會小學。
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1957年，聖公會聖提摩太小學正式遷往現時的校址：九龍紅磡鶴園街14號，為當時區內少有擁有獨立操場及教學大樓的小學，連當年的港督葛量洪爵士亦有蒞校參視。1959年，聖公會聖提摩太小學正式分為上、下午校。轉眼間，九龍紅磡鶴園街14號校舍，至今為社會作育英才已有60年了。 因應教學的需要，2003年本校開展了新翼校舍擴建工程。
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2004年8月16日，本校擴建工程正式竣工，並於同年9月投入使用，使本校除有標準課室12間外、還設有兩間電腦室、音樂室、視覺藝術室、圖書館、學生輔導室、禮堂及操場。校舍內所有特別室及課室均安裝了冷氣調節系統。
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| 另一方面，本校深明舒適而理想的學習環境可有效促進學習的質素，故在2003年度本校成功地向教育局申請了新校舍(校址位於九龍紅磡鶴園街19號，與現有校址相毗鄰)，以改善目前教學的環境，落實一校兩舍的運作模式。 2006年4月28日，教育局建校組吳麗貞經理、建築署王永新物業事務經理及聖公宗(香港)小學監理委員會主席周何翠珍女士在九龍紅磡鶴園街19號新校舍簽署移交手續。是日亦有聖公宗(香港)小學監理委員會謝振強總幹事及本校郭始基校監、李傑坤校長、家教會副主席及學校行政人員出席，一同見證是次簡單而隆重的新校舍移交簽約儀式 。一校兩舍的夢想在簽約儀式順利完成後，終可在2007 年正式落實！聖公會聖提摩太小學由建校至今，曾經歷無數教改浪潮，但仍堅守著傳揚基督博愛精神的使命，積極推動教育事工，一直深受家長們的支持，並贏得了社會的肯定和稱許，且孕育出優秀的傳統及良好的校風。 |  |
傑出校友凌嘉勤教授於2024年本校畢業禮的致詞: 細說學校歷史
